RasMol
Dieser Artikel wurde für die folgenden Ubuntu-Versionen getestet:
Ubuntu 20.04 Focal Fossa
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RasMol 🇬🇧 ist ein Programm zur Darstellung von Molekülstrukturen im PDB-Format (Protein-Datenbank- Format) das sich vor allem zur Darstellung von Proteinmolekülen eignet. Manche Browser (z. B. Firefox) und chemische Struktureditoren wie Avogadro unterstützen die Darstellung von PDB-Dateien zwar auch, doch bietet RasMol sehr vielfältige Darstellungsoptionen.
Installation¶
RasMol kann direkt aus den Quellen installiert werden [1]
rasmol
Befehl zum Installieren der Pakete:
sudo apt-get install rasmol
Oder mit apturl installieren, Link: apt://rasmol
Das Programm kann dann sofort gestartet werden [2].Im Startmenü finden sich daraufhin unter der Rubrik "Bildung" zwei neue Einträge: "RasMol (GTK Version)" und "RasMol (Classic Version)". Nach der Testinstallation unter Focal (20.04 LTS) ließ sich allerdings nur die GTK-Version ausführen.
 |  |  |  | |
| Hämoglobin als Wireframe, Eisenionen als Spacefill, Farbgebung: "Color - Chain" | Hämoglobin in der Ribbon-Darstellung | Wireframe in der Farbgebung "CPK" | Detailausschnitt in der Darstellung "Ball & stick" |
Bedienung¶
Die GTK-Version startet im Ein-Fenster-Modus. Im Hauptfenster erscheint nach Öffnen des PDB-Files eine Molekülstruktur. Mit F7 wird ein Feld für die Befehlszeile eingeblendet, mit deren Hilfe man z. B. verschiedene Molekülteile selektiv auswählen kann, so dass spätere Änderungen der Darstellung sich nur auf die gewählten Teile auswirken. Die meisten Darstellungsoptionen lassen sich über das RasMol-Menü ändern.
| Kommandos für die RasMol-Befehlszeile (Auswahl) | |
| Verfügbare Optionen | Bedeutung |
select all | alles auswählen |
select none | alles abwählen |
select backbone | Peptidrückgrat wählen |
select sidechain | Aminosäure-Reste wählen |
select sulphur | nur Schwefelatome wählen |
select <Englischer Name des Elements> | ein chemisches Element wählen |
restrict backbone | Darstellung auf das Peptidrückgrat beschränken |
hbonds | Wasserstoffbrücken anzeigen |
ssbonds | Disulfidbrücken anzeigen |
color hbonds red | Wasserstoffbrücken rot einfärben |
| Befehle im RasMol-Menü (Auswahl) | |
| Verfügbare Optionen | Bedeutung |
| Display | Darstellungsart |
- Wireframe | Atome und Bindungen als dünne Drähte (Standardeinstellung) |
- Ball & stick | Atome als Kugeln, Bindungen als Stäbe |
- Spacefill | Atome im Van-der-Waals-Radius |
- Ribbons | Peptidrückgrat als Band |
| Colours | Farbgebung |
- Monochrome | einfarbig (Standard: grau) |
- CPK | Kohlenstoff grau, Sauerstoff rot, Stickstoff blau |
- Shapely | jede Aminosäure in einer anderen Farbe |
- Chain | jede Peptidkette in einer anderen Farbe |
| Options | Darstellungsoptionen |
- Slab Mode | Beim Hineinzoomen wird ein Querschnitt durchs Molekül erzeugt |
- Specular | Durch Glanzeffekte wird die 3D-Wirkung erhöht |
- Stereo | Stereodarstellung des Moleküls |
| Maussteuerung (Auswahl) | |
| Verfügbare Optionen | Bedeutung |
 | Rotationsbewegung des Moleküls |
 | Translationsbewegung des Moleküls |
| +
⇧ | Zoomen |
Links¶
https://www.rcsb.org/ 🇬🇧 - Protein-Datenbank der Forschungsgemeinschaft für strukturelle Bioinformatik (Research Collaboratory for Structural Bioinformatics PDB), von welcher die Strukturdaten aller weltweit entschlüsselten Protein-Strukturen im PDB-Format aufgerufen und heruntergeladen werden können.
https://de.wikipedia.org/wiki/RasMol 🇩🇪 - Wikipedia-Artikel über RasMol
http://rasmol.org/ 🇬🇧 - Projektseite mit Online-Handbuch.