{{{#!vorlage Wissen [:Pakete_installieren: Installation von Programmen] [:Paketinstallation_DEB: Ein einzelnes Paket installieren] [:Programme kompilieren: Pakete aus dem Quellcode erstellen] [:Terminal: Ein Terminal öffnen] [:Packprogramme: Archive entpacken] [:Rechte: Rechte für Dateien und Ordner ändern] }}} [[Inhaltsverzeichnis(1)]] [wikipedia:DICOM:] ('''D'''igital '''I'''maging and '''Co'''mmunications in '''M'''edicine), auf deutsch "Digitale Bildgebung und Kommunikation in der Medizin", stellt mittlerweile den Standard für den Austausch von Bildinformationen in der Medizin dar. Untersuchungen werden zumeist nicht mehr als Film- oder Papierausdruck, sondern digital auf CD mitgegeben und liegen dann im DICOM-Format vor. In der Regel wird der CD ein Betrachtungsprogramm (Viewer) beigefügt, der üblicherweise aber unter Linux nicht lauffähig ist. = med-imaging = Für den Gesamtbereich medizinischer Bildgebung gibt es das Metapaket '''med-imaging''' [1]: {{{#!vorlage Paketinstallation med-imaging, universe }}} Enthalten sind u.a. * [#Aeskulap Aeskulap], DICOM Viewer * [#Amide Amide] für 3D-Rekonstruktionen * Dcmtk OFFIS DICOM toolkit zum Konvertieren von Dateien * Dicomnifti zum Konvertieren in das NIfTI-Format * [#Ginkgo-CADx Ginkgo CADx], kompletter DICOM-Viewer * [#FSLView FSLView 3D Viewer] * [#ImageJ ImageJ] für Bildbearbeitung und Analyse * [#MedCon MedCon] und (X)MedCon zum Konvertieren von DICOM Dateien Für Zwecke der medizinischen Befundung sind die entsprechenden speziellen Anforderungen an die Bildschirme "Befundungsmonitor" zu beachten. = Bilder betrachten (Viewer) = Möchte man sich diese Bilder lediglich anschauen können, benötigt man einen DICOM-Betrachter. Es gibt eine Vielzahl von Programmen zum Betrachten von DICOM-Bildern auch für Linux, mit denen alle Bilder hintereinander eingeladen und angezeigt werden können. Auch [:GIMP:] kann verwendet werden. == dcm4che == Wer einfach nur die DICOM Bilder auf seiner CD (oder einem Verzeichnis) ansehen möchte, ist vermutlich bei dcm4che gut aufgehoben. Das Programm ist allerdings nicht in den Paketquellen, sondern muss von [sourceforge:dcm4che:] {dl} unter ''"Files->dcm4che3"'' heruntergeladen und entpackt werden. (Wer es selbst kompilieren möchte kann den Quelltext von [github:dcm4che/dcm4che:github] beziehen) [[Vorlage(Fremd, Software)]] Nach dem Entpacken kann man mit einem Doppelklick auf '''viewer-linux.sh''' das Programm ausführen. Anschließend kann man unter ''"File -> Import"'' direkt die DICOM Dateien von einer CD oder einem Verzeichnis anzeigen lassen. == Aeskulap == [[Vorlage(Bildunterschrift, ./Wiki_Aeskulap_neu2.png, 200, "Aeskulap", right)]] Im Metapaket '''med-imaging''' enthalten oder als Einzelpaket installierbar [1]: {{{#!vorlage Paketinstallation aeskulap, universe }}} ## || [[Bild("Wiki Aeskulap neu.png")]] || [[Bild("Wiki Aeskulap neu1.png",200)]] ## || [[Bild("Wiki Aeskulap neu2.png")]] || Das Programm ist dann unter ''"Graphik -> Aeskulap Betrachter"'' zu finden. * Die Funktionen ''"Suchen"'' und ''"Filter löschen"'' setzen voraus, dass ein ''"DICOM Dir"'' vorhanden ist, ein Verzeichnis, in welchem (Patienten) Daten registriert sind. * Mit dem Menüpunkt ''"Dicom Dir"'' wird nach genau solchen Dateien gesucht, z.B. auf einer CD. * Der Menüpunkt ''"Öffnen"'' erlaubt, direkt Dateien zu finden, allerdings sucht das Programm standardmäßig nach ''"Dicom.dir"'', so dass man den voreingestellten Filter von ''"Dicom Dateien"'' auf ''"Alle Dateien"'' umstellen muss. Durch Auswahl aller Einzelbilder wird eine Serie komplett eingeladen und kann durchgeblättert werden. Zoom und Heller/Dunkler Funktionen sind implementiert. == Ginkgo CADx == Das Programm [http://ginkgo-cadx.com/en/ Ginkgo CADx] {en} ist im Metapaket '''med-imaging''' enthalten oder kann einzeln installiert werden [1]: {{{#!vorlage Paketinstallation ginkgocadx, universe, ab [:18.04:] }}} Das Programm ist dann unter ''"Sonstiges -> Ginkgo Dicom"'' zu finden. Das Programm ist einfach zu bedienen und bietet einen kompletten DICOM-Viewer mit einem Funktionsumfang, der OsiriX nahe kommt. * Volle DICOM-Image Darstellung * 3D-Rekonstruktionen * Komplettes Set mit Bearbeitungswerkzeugen (Ausmessen, Winkel, HE-Werte, Markieren, Text, ...) * Dicom-Datensatz-Erstellung für JPEG, PNG, GIF und TIFF * Unterstützung von elektronischen Krankenblättern (HL7 Standards, IHE-konform) * PACS-Workstation (C-FIND, C-MOVE, C-STORE...) * Erweiterbar für Spezialgebiete: - Ophthalmologie (Retinal image mosaic composition, Automatic retinal analysis diagnostics) - Psoriasis Diagnostik ## == kradview == ## [[Vorlage(Paketquellen/Warnung_Pakete)]] ## Von [http://linux.softpedia.com/progDownload/kradview-Download-4587.html] {en} kann ein '''tgz''' heruntergeladen werden, entpackt[5] und kompiliert werden [3] ## sudo apt-get install build-essential x-dev libx11-dev xserver-xorg-dev xorg-dev libjpeg62-dev libqt3-headers libqt3-compat-headers ## qt li wiki ./configure --without arts = Bilder bearbeiten (Dekomprimieren und Konvertieren) = Standardmäßig liegen DICOM-Bilder in einem komprimierten Format und als Einzeldateien vor. [[Vorlage(Bildunterschrift, ./Wiki_xmedcon_ind.png, 200, "(X)MedCon", right)]] == MedCon == [sourceforge2:xmedcon:(X)MedCon] {en} liegt in zwei Varianten vor. Hierzu müssen folgende Pakete installiert werden [1]: {{{#!vorlage Paketinstallation medcon, universe, Kommandozeilenversion }}} oder {{{#!vorlage Paketinstallation xmedcon, universe, grafische Benutzeroberfläche, kann Dateien nur einzeln konvertieren }}} Empfehlenswert ist die Kommandozeilenversion, da diese auch mehrere Dateien bearbeiten kann. Dieses Programm bietet u.a. die Optionen ||<-2 tablestyle="width: 95%;" rowclass="titel"> Optionen|| || Parameter||Beschreibung|| || `-f` || zum Lesen von Dateien || || `-anon` || zum Anonymisieren || || `-c` || zum Konvertieren || || `-crop :::` || zum Beschneiden || wobei `x/y` Bildkoordinaten links oben, `w/h` Breite und Höhe darstellen. == dcmdjpeg == Alternativ gibt es das Programm '''dcmdjpeg''', enthalten in folgendem Paket [1]: {{{#!vorlage Paketinstallation dcmtk, universe }}} Im Terminal [4] muss dann der Befehl in folgender Syntax ausgeführt werden: {{{#!vorlage Befehl dcmdjpeg [OPTIONEN] dcmfile-in dcmfile-out -f * ?? }}} == In normale Bildformate konvertieren == Dadurch gehen natürlich außer dem reinen Bild alle weiteren Informationen wie Patientendaten, technische Parameter usw. verloren. * in das PNG-Format umwandeln: {{{#!vorlage Befehl medcon -c png -f DATEI }}} == Konvertieren in DICOM-NIfTI-Format == Mit MedCon: {{{#!vorlage Befehl medcon -c nifti -f * }}} Alternativ kann man das Programm [http://cbi.nyu.edu/software/dinifti.php DICOM to NIfTI Converter] {en} einsetzen. Folgendes Paket wird benötigt: {{{#!vorlage Paketinstallation dicomnifti, universe }}} Die Syntax lautet: {{{#!vorlage Befehl dinifti ORIGINALDATEI AUSGABEDATEI }}} == Rohdaten - unkomprimierte Dateien erzeugen == * erzeugt binäre RAW Files [4]: {{{#!vorlage Befehl medcon -c bin -f * }}} * erzeugt ASCII-RAW-Dateien: {{{#!vorlage Befehl medcon -c ascii -f * }}} = Bildbearbeitung und Analyse = == ImageJ == [http://rsb.info.nih.gov/ij/ ImageJ] {en} ist auch als einzelnes Paket installierbar [1]: {{{#!vorlage Paketinstallation imagej, universe }}} Das Programm ist unter ''"Graphik -> Imagej"'' zu finden und benötigt unkomprimiertes DICOM = Rohdaten = RAW (3). = 3D-Stapel erzeugen = Möchte man aus einer Bilderserie dreidimensionale Rekonstruktionen vornehmen, d.h. verschiedene Bildebenen des Datensatzes anschauen, müssen die einzelnen DICOM-Bilder in einen 3D-Stapel zusammengeführt werden. Dazu kann man wiederum [#MedCon MedCon] in der Kommandozeilenversion einsetzen: {{{#!vorlage Befehl medcon -f * -c dicom -stack3d -n -qc }}} ergibt '''DATEINAME-STACKS.dcm''' [4] {{{#!vorlage Befehl medcon -c nifti -f DATEINAME-STACKS.dcm }}} ergibt einen Stapel '''DATEINAME-STACKS.nii''' im NIfTI-Format. Siehe auch die [http://xmedcon.sourceforge.net/Docs/Docs MedCon Dokumentation] {en}. = 3D-Rekonstruktionen vornehmen = == Amide == [sourceforge2:amide:Amide] {en} steht für "Advanced Medical Imaging Development" und ist auch als einzelnes Paket installierbar [1]: {{{#!vorlage Paketinstallation amide, universe }}} Das Programm ist zu finden unter ''"Graphik -> Amide"'' und erlaubt ROI-Auswertung, Beschneiden, Volumenrendering sowie Stereoskopie. == FSLView == [[Vorlage(Bildunterschrift, ./Wiki_FSLView-.png, 200, "FSLView", right)]] [https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/FslView FSLView] {en} findet sich in den offiziellen Paketquellen und ist im genannten '''med-imaging'''-Paket enthalten, kann aber auch als einzelnes Paket installiert [1] werden: {{{#!vorlage Paketinstallation fslview, universe }}} Benötigt Dateien im NIfTI-Format als Stapel (Stack). Da diese meist nicht standardmäßig vorliegen, müssen die o.g. Umwandlungen vorgenommen werden. == Slicer == [http://www.slicer.org/ Slicer] {en} enthält eine ausführliche Anleitung mit Demodatensätzen und zahlreiche Erweiterungen. Von der [http://download.slicer.org/ Webseite] {dl} kann für Linux ein '''.tar.gz'''-Archiv für 64-bit-Versionen heruntergeladen werden. [[Vorlage(Fremd, Software)]] Nach Entpacken [5] kann das Programm durch Doppelklick auf '''slicer''' im entpackten Verzeichnis gestartet werden. Es empfiehlt sich, einen [:Menüeditor:Menüeintrag] anzulegen. Die Programmoberfläche ist Englisch. [[Vorlage(Bildunterschrift, ./Wiki_MeVisLab-.png, 200, "MeVisLab", right)]] == MeVisLab == Von [http://www.mevislab.de/ MeVisLab] {en} kann als selbstextrahierendes Archiv ausschließlich für 64-bit-Systeme als '''MeVisLabSDK-VERSION.bin''' herunter geladen werden (ca. 800 MiB). Laut Hersteller wurde das Programm unter Ubuntu 12.04 getestet. Dies Programm ist offenbar vornehmlich für Entwickler gedacht. Bilder können über das Modul "Dicomimport" hinzugefügt werden. Das Programm verfügt über einen eigenen Installer und einen eigenen Uninstaller, der sauber aufräumt. [[Vorlage(Fremd, Software)]] Diese Installationsdatei muss ausführbar gemacht werden[6] {{{#!vorlage Befehl chmod u+x MeVisLabSDK*.bin }}} und wird anschließend ausgeführt mit {{{#!vorlage Befehl ./MeVisLabSDK*.bin }}} = Problembehebung = == Fehler beim Einloggen nach der Deinstallation von med-imaging == Nach der Deinstallation von '''med-imaging''' mittels des Befehls {{{#!vorlage Befehl sudo apt-get purge med-imaging }}} kann es unter Ubuntu 18.04 LTS zu Problemen kommen. Mehr dazu im Forum [4] Abhilfe schafft hier oft folgender Befehl: {{{#!vorlage Befehl sudo mv /etc/profile.d/modules.sh /etc/profile.d/modules.sh-unused }}} Diese Änderung lässt sich mit folgendem Befehl einfach wieder rückgängig machen: {{{#!vorlage Befehl sudo mv /etc/profile.d/modules.sh-unused /etc/profile.d/modules.sh }}} = Links = * [http://medical.nema.org/ DICOM Homepage] {en} * [http://nifti.nimh.nih.gov/ NIfTI] {en} - Neuroimaging Informatics Technology Initiative * [http://www.idoimaging.com/ Free medical imaging software] {en} * [https://forum.ubuntuusers.de/topic/fehler-gefunden-beim-laden-etc-profile/ Ubuntuusers-Forum: Fehlerbehebung nach der Deinstallation von med-imaging] {de} # tag: Grafik, Übersicht, Multimedia, Bildung