{{{#!vorlage Wissen [:Pakete_installieren: Installation von Programmen aus den Ubuntu Paketquellen] [:Paketquellen freischalten: Paketquellen bearbeiten] [:Paketinstallation DEB: Einzelpakete installieren] }}} [[Inhaltsverzeichnis(1)]] [[Bild(yad/yad_logo.png, 48, align=left)]] Dieser Artikel stellt Programme zum Themenkreis "Chemie" vor, die in den Paketquellen vorhanden sind, oder zumindest unter Ubuntu genutzt werden können - Ergänzungen sind immer willkommen! = Periodensystem = == Kalzium == [:Kalzium:] ist ein interaktives Periodensystem und Teil des [:KDE:]-Bildungsprojektes. Unter KDE4 ist der Funktionsumfang von Kalzium nochmal deutlich erweitert worden, z.B. um einen Molekülbetrachter und einen Gleichungslöser. == gPeriodic == Ein einfaches GTK-Programm ist [http://www.frantz.fi/software/gperiodic.php gPeriodic] {en}, das ein Periodensystem und Daten zu den Elementen in Form von Stichwortlisten anzeigt: {{{#!vorlage Paketinstallation gperiodic, universe }}} == gElemental == [[Bild(./gelemental.png, 200, right)]] [https://web.archive.org/web/20080209213045/http://www.kdau.com/projects/gelemental/ gElemental] {en} ist als Nachfolger von gPeriodic gedacht. Die Aufmachung ist optisch ansprechender und die Daten sind besser strukturiert. Die Datensätze beinhalten unter anderem historische, thermodynamische, elektrochemische und kristallografische Informationen und zitieren aus akademischen Fachquellen. Das Programm ist in den Paketquellen enthalten {{{#!vorlage Paketinstallation gelemental, universe }}} = Strukturformeln = Editoren erleichtern die Arbeit mit komplexen Strukturformeln und erzeugen optisch ansprechende Grafiken. == BKChem == [http://bkchem.zirael.org/ BKChem] {en} ist ein freier Editor für chemische Strukturformeln, dessen Aussehen eher schlicht gehalten ist. Er ist in Python geschrieben und in einer etwas älteren Version in den universe-Quellen enthalten. Das zu installierende Paket [1] nennt sich {{{#!vorlage Paketinstallation bkchem, universe }}} Mit dem Editor lassen sich Formeln beliebig zeichnen, C-Atome durch andere Elemente ersetzen, die Bindungen verändern und es stehen verschiedene Pfeilarten (auch flexible) zur Verfügung. Will man Bindungen nur in bestimmten Winkeln zeichnen, so gibt man die entsprechenden Winkelabschnitte an, die Richtung muss der Chemiker "mit der Hand" bestimmen. Auch werden Klammern, Rotationen in 2D und 3D und Spiegelungen unterstützt, sowie Vorlagen und die Möglichkeit, eigene Vorlagen einzubinden, geboten. Zu guter Letzt sorgt vor allem die Unterstützung vieler Dateiformate (SVG, PDF, EPS, PNG, ODG, MOL, CML) für die Einsatzmöglichkeit der erstellten in vielen verschiedenen externen Programmen. == Chemtool == [[Bild(./chemtool.png, 150, right)]] [http://ruby.chemie.uni-freiburg.de/~martin/chemtool/ Chemtool] {en} ist ein recht einfaches und komfortabel zu bedienendes Zeichenprogramm. Man kann verschiedene Winkelraster als Zeichenhilfe auswählen, es gibt so ziemlich alle Linienarten für Bindungen zur Auswahl, die man als Chemiker braucht (z.B. zur Darstellung der Keilschreibweise, div. Mehrfachbindungen) und mit dem Textwerkzeug lassen sich beliebige Atomgruppen in die Zeichnung einfügen (die Minisyntax wird angezeigt). Die erstellten Bilder lassen sich in verschiedenen Formaten exportieren. {{{#!vorlage Paketinstallation chemtool, universe }}} [[Bild(./easychem-screen.png, 150, right)]] == Easychem == [sourceforge2:easychem:Easychem] {en} ist ein GTK-Programm, dass sich praktisch wie ein Programm zur Erstellung von Vektorgrafiken bedienen lässt. Der Fokus liegt darauf Strukturformeln in Druckqualität zu erzeugen und so lassen sich die Grafiken auch direkt in [wikipedia:PostScript:]-, [:PDF:]- und [wikipedia:Xfig:]-Formate exportieren. Zur Installation dient das folgende Paket [1]: {{{#!vorlage Paketinstallation easychem, universe }}} [[Bild(./gchempaint.png, 150, right)]] == GChemPaint == [https://wiki.gnome.org/Attic/ChemistryUtils/GChemPaint GChemPaint] {en} ist ein Formeleditor für die Desktop-Umgebung [:GNOME: GNOME 2]. Die erstellen Formeln lassen sich in einem wiederverwendbaren XML-Format, aber auch als Bilder speichern. Geplant ist eine Integration in bereits vorhandene Programme wie z.B. die Textverarbeitungsprogramm [:Abiword:]. Zur Installation [1] benötigt man das Paket: {{{#!vorlage Paketinstallation gchempaint, universe }}} == GNOME Chemistry Utils == [[Bild(./gcu-ps.png, 200, right)]] Die [https://wiki.gnome.org/Attic/ChemistryUtils GNOME Chemistry Utils] {en} beinhalten kleine Hilfsprogramme wie einen Rechner für Molekulargewicht, 3D-Strukturbetrachter, ein Editor für Kristallstrukturen und ein Periodensystem. Sie wurden eigentlich für den Formeleditor [#GChemPaint GChemPaint] entworfen, können aber auch separat vom Kernprogramm über das Paket {{{#!vorlage Paketinstallation gcu-bin, universe }}} installiert [1] werden. Sie lassen sich über das Menü ''"Anwendungen -> Bildung"'' starten. == XDrawChem == [[Bild(./xdrawchem.png, 150, right)]] [sourceforge2:xdrawchem:XDrawChem] {en} ist ein Strukturformeleditor, der an das kommerzielle ChemDraw angelehnt ist. Das Programm kann in verschiedenste Formate exportieren, darunter auch Bildformate. Das Programm bietet verschiedene kleine Werkzeuge zur Arbeitserleichterung an, welche allerdings meistens eine aktive Internetverbindung voraussetzen. So gibt es u.A. Molekül-Informationen über das Internet zu beziehen oder ein (grobes) 3D-Modell über einen Server zu erstellen. Praktisch sind auch die vielen, standardmäßig vorhandenen Molekülvorlagen, die sich erweitern lassen. Um XDrawChem zu benutzen, muss das Paket {{{#!vorlage Paketinstallation xdrawchem, universe }}} installiert [1] werden. Es lässt sich über das Menü ''"Anwendungen -> Bildung"'' starten. [[Bild(./ACDsketch.png, 150, right)]] == ACD/Labs ChemSketch == [https://www.acdlabs.com/resources/freeware/ ACD/ChemSketch for Linux] {en} ist eine ältere Version des kommerziell vertriebenen ChemSketch, die gut unter [:Wine:] läuft. Nach einer Registrierung kann man sie kostenfrei herunterladen und zu privaten oder Bildungszwecken verwenden. == molSketch == [sourceforge2:molsketch:MolSketch] {en} ist ein plattformübergreifendes Zeichenprogramm für chemische Strukturformeln, das die Oberfläche der [:KDE:] Desktopumgebung verwendet. = 3D-Moleküle = [[Bild(PyMOL/PyMOL-screenshot.png, 150, right)]] == PyMOL == [:PyMOL:] ist ein Programm zur dreidimensionalen Darstellung von Proteinen und anderen Makromolekülen. Die Protein-Dateien können beispielsweise von der [https://www.rcsb.org RCSB] {en} Website oder mit einem Plugin heruntergeladen und in PyMOL geöffnet werden. [[Bild(./avogadro.png, 150, right)]] == Avogadro == [:Avogadro:] ist ein Molekül-Editor für Computerchemie, Molekulardesign, Bioinformatik, Materialwissenschaften und verwandte Gebiete. == ghemical == [[Bild(./ghemical-Acetylsalicylsäure.jpg, 150, right)]] [https://www.bioinformatics.org/ghemical/ghemical/index.html Ghemical] {en} ist eine Software für rechenorientierte Chemie in [:GCC:C++] geschrieben mit [:GUI-Toolkits:GTK] Oberfläche. Die grafische Oberfläche unterstützt sowohl quantenmechanische als auch molekular-mechanische Modelle. Geometrie-Optimierungen, Moleküldynamik und eine große Anzahl von Visualisierungswerkzeugen unter Benutzung von OpenGL sind verfügbar. {{{#!vorlage Paketinstallation ghemical, universe }}} == Chimera == [[Bild(Chimera/gui.png, 180, right)]] UCSF [:Chimera:] ist ein Molekülbetrachter, vergleichbar mit VMD und PyMOL. Chimera läuft unter den gängigen Betriebssystemen Linux, Windows und MacOS. Es kann sowohl atomare Modelle aus der Protein Data Bank (PDB) als auch Elektronendichtekarten (EDM) der Electron Microscopy Data Bank (EMDB) darstellen. Von der Bedienung ist es intuitiver als VMD zu benutzen. Chimera beherrscht die üblichen Darstellungsmodi wie z.B. Comic, Atomar und Oberfläche. Tutorials und Bildmaterial sind in großem Umfang auf der Projektseite vorhanden. == Gabedit == [https://gabedit.sourceforge.net/ Gabedit] {en} ist eine grafische Benutzeroberfläche für deMon2k, Gamess-US, Gaussian, Molcas, Molpro, MPQC, MOPAC, Orca, PCGamess und Q-Chem Pakete. Es kann eine Vielzahl von Ergebnissen anzeigen, einschließlich der Unterstützung der meisten wichtigen molekularen Dateiformate. Der "Molecule Builder" ermöglicht das schnelle Skizzieren von Molekülen und deren Untersuchung in 3D. Grafiken können in verschiedene Formate exportiert werden, einschließlich Animationen. Außerdem könnnen UV-Vis, IR and Raman Spektren angezeigt werden. {{{#!vorlage Paketinstallation gabedit, universe }}} = Datenauswertung = [[Bild(Gnumeric/Gnumeric.png, 150, right)]] == Gnumeric == [:Gnumeric:] ist ein GTK-Programm zur Tabellenkalkulation, dass jedoch auch gut zur statischen Analyse und zum Fitting von Graphen verwendet werden kann. Des Weiteren können alle Grafiken in Vektorformate (SVG, PDF) gespeichert werden und Tabellen nach [:LaTeX:] exportiert werden. == QtiPlot == [[Bild(QtiPlot/qtiplot_graph.png, 150, right)]] [:QtiPlot:] ist ein Datenanalyse- und Plotter-Programm. Es ist freie Software und kann im Quellcode von der offiziellen Homepage heruntergeladen werden. Der Hersteller bietet zudem einen kommerziellen Dienst zur Erstellung von Binärpaketen und Support für diese an. Die Besonderheit an QtiPlot ist, dass es weitgehend mit dem proprietären und teuren Origin kompatibel ist und sich auch sehr ähnlich bedient. = Spektroskopie = [[Bild(./ACD-NMR_academic.png, 150, right)]] == ACD/NMR Processor Academic Edition == Mit [http://www.acdlabs.com/resources/freeware/ ACD/NMR Processor Academic Edition] {en} lassen sich [wikipedia:NMR-Spektroskopie:NMR-Spektren] auswerten. Sie läuft gut unter [:Wine:] und kann nach einer Registrierung kostenfrei herunterladen und zu privaten oder Bildungszwecken verwendet werden. Die [https://www.acdlabs.com/resources/freeware/ ACD/NMR Processor Academic Edition] {en} beinhaltet auch eine passende [https://www.acdlabs.com/resources/freeware/ ACD/ChemSketch] {en} Version. = Links = * [ubuntu_doc:community/UbuntuScience:Liste naturwissenschaftlicher Programme für Ubuntu] {en} * [debian:DebianScience/Chemistry: Debian Science: Chemistry] {en} - Paketübersicht des Debichem-Teams * [http://www.redbrick.dcu.ie/~noel/linux4chemistry/ Linux4Chemistry] {en} - umfangreiche Übersicht * [http://lem.ch.unito.it/chem_linux.html Linux and Chemistry] {en} - Softwaredatenbank * [https://directory.fsf.org/category/chem/ FSF Free Software Directory] {en} - Kategorie Chemie * [https://sourceforge.net/directory/science-engineering/chemistry/os:linux/ SourceForge.net] {en} - Chemie Projekte * [https://chemie-lernprogramme.de/ Chemie-Lernprogramme.de] {de} - Sammlung freier Chemie-Lernprogramme für die Schule, basierend auf Python und JavaScript # tag: Bildung, Übersicht, unfreie Software